超純水處理設備在使用時有三點需要注意：
首先要檢查反滲透設備是否有濾料進入，選擇比較理想的過濾器出水系統，避免過濾中石英砂還有活性炭這些濾料的進入，因此選擇正確的活性炭作為濾料可以避免過濾過程中脫粉現象的出現。
其次用自來水作為水源的純凈水設備設有獨立的供水裝置，它的設置保證了供水裝置的穩定性，又可以減少對反滲透膜的沖擊力，保護反滲透膜不被破壞。
最后還要考慮使用的藥劑之間是否可以共存，同樣還要考慮藥劑與膜材料是否產生反應，使用的藥劑主要是助凝劑、殺菌劑、混凝劑還有還原劑和阻垢劑等等，為了防止反滲透系統產生水垢的附著，因此需要采用軟化水設備將水進行軟化。
