通常水處理設備需按特定的次序使用各種不同的清洗藥品進行清洗，以獲得好的清洗效果。比如首先使用低pH值的清洗除去水垢一類的物質，然后使用一種高pH值的清洗液除去有機物。但是有時也會首先使用高pH值的清洗液除去油類污垢，然后再使用一種低pH值的清洗液。有一些清洗液中還添加有洗滌劑，這將有助于清除污染嚴重的生物和有機雜質。其它的清洗添加有象EDTA之類的螯合劑，這些螯合劑有助于清除膠體、有機物、生物雜質和硫酸鹽垢。必須記住的是選用不正確的清洗藥品或清洗步驟不正確時可能會使污堵更嚴重。
在選擇清洗水處理設備藥品和使用復合聚酰胺膜時有一些注意事項：
遵守制造商建議的藥品選擇清單、劑量、pH值、溫度和接觸時間。
使用侵蝕性小的藥品完成清洗工作。這些做會延長膜的使用壽命。
在調節pH值時，一定要審慎以延長膜的使用壽命。藥品侵蝕性較小的pH值范圍是4~10，允許的pH值范圍是2~12.
酸和堿不要混合。在加入下一種溶液之前，徹底沖洗系統以排盡上一次的清洗液。
用高pH值的產水沖洗出洗滌劑。
確認遵守正確的清洗液處理要求。
